Lembaga penjaminan mutu (LPM) STIKES Wira Husada terdiri dari Kepala LPM, Ka. Sub Lembaga penjamin mutu Internal, Ka.sub penjaminan mutu Eksternal, Unit penjaminan mutu (UPM) Prodi dan staf LPM (tendik). Struktur organisasi LPM telah di sahkan dengan SK Ketua STIKES Wira Husada Yogyakarta Nomor: 1656/STIKES-WH/IX/2019. Kegiatan Penjaminan Mutu yang di Koordinasi oleh Lembaga penjaminan mutu STIKES Wira Husada terdiri dari : 1. SPMI (Sistem Penjaminan Mutu Internal) yaitu kegiatan sistemik penjaminan mutu pendidikan tinggi secara mandiri untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan secara berencana dan berkelanjutan. 2. SPME (Sistem Penjaminan Mutu Eksternal) yaitu kegiatan peningkatan mutu pendidikan Tinggi melalui melalui akreditasi